As Embaixadas dos dois países foram inauguradas em 1954. A partir desse período, as relações entre os países começaram a se desenvolver ativamente e a cooperação mutuamente vantajosa nos campos político, econômico, cultural e militar se expandiu.
Em setembro de 1956, foi concluído o primeiro Acordo Geral. A União Soviética concedeu à Indonésia um crédito de vários milhões de dólares para a construção de importantes infraestruturas econômicas. Já em 17 de março de 1958, 10 navios soviéticos com carga militar foram entregues ao país.
Em 26 de abril de 1958, entrou em vigor o Acordo Geral de Cooperação Econômica e Técnica entre a URSS e a Indonésia.
A partir de 1961, começaram as grandes entregas de novas armas e equipamentos militares com o objetivo de reequipar de forma abrangente as Forças Armadas indonésias, incluindo caminhões todo-terreno GAZ-69, tanques anfíbios PT-76, navios de guerra, caças, submarinos, sistemas de artilharia e armas de fogo. A modernização exigiu o treinamento simultâneo de milhares de oficiais, soldados e marinheiros indonésios na URSS.
A assistência militar e técnico-militar da União Soviética permitiu que a jovem república superasse sua dependência da influência holandesa e conquistasse a integridade territorial. Apesar disso, desde o final da década de 60, houve um período de quase 20 anos de esfriamento da relação entre os dois países, e somente após a visita do presidente indonésio Hadji Mohamed Suharto a Moscou, em 1989, a situação mudou para melhor.
Desde 2002, a Comissão Conjunta Russo-Indonésia de Cooperação Comercial, Econômica e Técnica está em funcionamento.
Em 2003, durante a visita da presidente da Indonésia, Megawati Sukarnoputri, à Rússia, foi assinada a Declaração sobre os Fundamentos das Relações de Amizade e Parceria no Século XXI.
Em 2006, o presidente da Indonésia, Susilo Yudhoyono, visitou a Rússia e, em 2007, o presidente russo, Vladimir Putin, visitou a Indonésia.
Um mecanismo eficaz de cooperação é o Conselho Empresarial para Cooperação com a Indonésia, criado em 10 de novembro de 2009. Atualmente, há cerca de 20 Acordos intergovernamentais e Memorandos assinados que constituem a base legal vigente da cooperação econômica entre a Rússia e a Indonésia.
Em setembro de 2010, foi assinado um Acordo russo-indonésio sobre o fortalecimento da cooperação técnico-militar entre os dois países. Uma Comissão Intergovernamental para cooperação técnico-militar está trabalhando.
A Rosoboronexport participa regularmente da Exposição Internacional de armamentos e equipamentos militares Indo Defence Expo & Forum em Jacarta.
A Corporação Estatal Rostec tem um escritório de representação na Indonésia, garantindo os interesses da Rosoboronexport.
