Дипломатические отношения между странами установлены 25 ноября 1960 года. Во время вооруженного конфликта в Нигерии (1967-1970) СССР оказывал федеральному правительству политическую и военную помощь в борьбе против самопровозглашенной «Республики Биафра». 

В Нигерию были поставлены танки, боевые самолеты, вертолеты, средства ПВО.

В настоящее время между странами поддерживается активный политический диалог. В марте 2001 года Москву с официальным визитом посетил президент Нигерии Олусегун Обасанджо. Подписана Декларация о принципах дружественных отношений и партнерства, представляющая собой развернутую программу взаимодействия в двустороннем и международном форматах.

В 1998 году была создана Нигерийско-российская торговая палата, объединившая около 160 компаний.

В 1989 году было подписано соглашение об учреждении Межправительственной Российско-Нигерийской смешанной комиссии по экономическому и научно-техническому сотрудничеству, первое заседание комиссии состоялось в Москве 7-8 декабря 2004 года.

20 февраля 2007 года в Москве было официально подписано Соглашение об учреждении Российско-Нигерийского Делового совета, а также Соглашение между Деловым советом "Россия-Нигерия" и Деловым Советом "Нигерия-Россия" об учреждении Нигерийско-Российского Центра по сотрудничеству в области торговли, промышленности, сельского хозяйства, здоровья, технических разработок и информационных технологий.

24 июня 2009 состоялся первый в истории двусторонних отношений официальный визит президента России Дмитрия Медведева в Нигерию. По итогам переговоров на высшем уровне был подписан пакет важных двусторонних документов.

Осуществляется подготовка граждан Нигерии в российских вузах.

Военно-техническое сотрудничество осуществляется на основе соглашения, подписанного в Москве 6 марта 2001 года. В Нигерию были осуществлены поставки вертолетов Ми-17 и Ми-24. В 2016 году заключен контракт на поставку для ВВС Нигерии новой партии вертолетов марки Ми.